Keimzelle von Schlüsselau ist das Zisterzienserinnenkloster, das von dem edelfreien Geschlecht der Schlüssselberger gegründet wurde. Der ältere Name von Schlüsselau lautet Seppendorf, als solches findet es bereits 1109 erste urkundliche Erwähnung. Es wurde durch Bischof Otto dem neu gegründeten Kloster St. Jakob als Geschenk übereignet. Ein wichtiges Jahr für die Ortsgeschichte ist das Jahr 1260, als der Edelherr Eberhard II. ein Zisterzienserinnenkloster stiftete. Der Bau muss sich lange hingezogen haben, denn aus dem Jahr 1320 ist eine Bitte der Zisterzienserinnen überliefert, in der sie sich um Spenden für die Baufinanzierung bemühen. Da die Ordensregel der Zisterzienser Einfachheit fordert, durfte der Bau auch keinen Kirchturm erhalten, sondern nur einen Dachreiter.
Der letzte aus dem Geschlecht der Schlüsselberger, Konrad II., starb 1347. Da er ein treuer Anhänger des Kaisers war , war er wie dieser mit dem Kirchenbann belegt und durfte nur außerhalb der Kirchenmauern begraben werden. Im Zuge der Kirchenrenovierung 1895 wurde das Grab in den Chorraum der Kirche verlegt.
Das Schlüsselauer Kloster wurde durch Schenkungen des Adels ziemlich vermögend. Der jeweiligen Äbtissin des Klosters waren die Pfarreien Schnaid, Seußling und Pretzfeld zugeordnet, insofern als sie dort das Besetzungsrecht ausüben konnten. Außerdem oblag ihnen die niedere Gerichtsbarkeit. Um das Jahr 1300 wollte das Kloster seinen Besitz durch Rodungen in den umliegenden Wäldern vergrößern.
Die Pflege der Bodenkultur und der Landschaft war eine der Hauptaufgaben des Zisterzienserordens. Das Kloster hatte unter anderem Besitzungen im Raum Jungenhofen und Greuth und erhielt auch den Zehnten von dort. Unter der Leitung des Klosters wurden Rodungen vorgenommen und so Ackerland gewonnen.
Mit der Neuzeit kam auch in unserer Gegend der Wunsch nach freieren Gesellschaftsformen und weniger Abgaben bei den Menschen an. Besonders die hohen Abgaben bedeuteten eine starke Belastung. Neundorfer sagt zu diesem Problem, dass die geistlichen Herren mildere Herrscher waren. Nach dieser These verwundert es allerdings, dass sich gerade in Schlüsselau und Ebrach, zwei Klosterorten, Aufstände nachweisen lassen.
In Schlüsselau sind Bauernaufstände durch Prozessakten überliefert: „Die Bauern haben im Kloster Schlüsselau und in den Pfarrhöfen zu Heydt (=Oberhaid) und Pettstadt Mutwillen vollführt“. Dem voran gingen die Verweigerung von Abgaben und Diensten.
Eine neue Blütezeit erlebten Kloster und Ortschaft unter der Herrschaft von Kurfürst Johann Philipp von Gebsattel etwa ab dem Jahr 1603. Dieser ließ die Gebäude sanieren und ausbauen. Unter anderem erhielt die Kirche eine neue Innenausstattung. Durch Fürstbischof Gebsattel kam auch das Altarbild, das die schmerzhafte Dreifaltigkeit zeigt, in das Gotteshaus. Die Ursprünge der Wallfahrt lassen sich auf das Wirken Gebsattels zurückverfolgen.
An Kriegszeiten erinnert auch die Hans-Caspar-Marter im Wald auf dem Weg von Schlüsselau nach Reundorf. Auf der Marter sind ein Mühlrad, die Jahreszahl 1739 und die Buchstaben H. C. V. zu sehen. Die Entstehung der Marter beruht auf folgender Begebenheit: Ein junger Mann, Hans Caspar Vorschmidt, Müllerssohn aus Schlüsselau, ließ sich im Verlauf des Schwedenkrieges für den preußischen Wehrdienst anwerben. Als er mit den Werbern auf dem Weg nach Bamberg unterwegs war, bereute er seinen Entschluss und weigerte sich, weiter zu gehen. Aufgrund dieser beharrlichen Weigerung wurde der Mann von den Werbern getötet. Zur Erinnerung an diesen Vorfall wurde die genannte Marter errichtet.